微波杀菌的基本原理
微波与生物体得相互作用是相当复杂的过程，生物体受微波辐射后会吸收微波能而产生热效应，而且生物体在微波场中其生理活动会发生反应和变化，这种非热效应和非热力生物效应共同作用的结果，俩种效应相互依存、相互加强。
微波的热效应机制：
食品总的微生物有三大类，即：（1）酵母、霉菌：（2）细菌类（大肠菌落，多数球菌和杆菌）；（3）有芽孢的杆菌。相同的温度条件下，采用微波杀菌时间要比传统加热杀菌时间短;在相同的处理时间内，采用比传统的加热杀菌温度还低的微波杀菌条件就能够达到相同的杀菌目的。
微波杀菌和传统杀菌相比较：
传统杀菌是热力由食品表面向内部传递，且其传递速率决定于食品传热特性，形成了食品表面和中心温差，以及表面温度状态的滞后性，从而延长了食品整体杀菌所需的总时间，而且单纯的热力作用较难杀死耐热性较强的芽孢杆菌。
微波杀菌热效应主要表现在以下三个方面：
（1） 微波作用于食品，食品内外同时吸收微波能，温度升高。（2） 食品中污染的微生物细胞的微波场的作用下，其分子也被极化 并作高频振荡，产生热效应，温度升高。（3） 温度的快速升高使其蛋白质结构发生变化，从而失去生物活性，使菌体死亡或受到严重干扰而无法繁殖。
微波的非热力生物效应机制
微波杀菌，不光是热效应，还有特殊的非热力生物效应。微波能破坏微生物的机体，使活体组织变性，最终导致微生物死亡。从细胞离子通道学说解释微波杀菌机理，细菌细胞的存活不仅要依靠细胞膜的保护作用，还要与维持细胞正常生理活动功能的单分子和复杂分子组成的细胞离子通道密切相关。按细胞离子通道学说，如果细菌微生处在相当高的频率和高场强的微波场中，影响细胞膜电位改变的可能性是存在的，也就是说，细胞的正常活动的生理功能将改变，以及危及细菌细胞的存活。
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